La critica dei sistemi filosofici classici non può prescindere da una critica dei loro metodi di indagine. Cartesio si impegna quindi a definire quattro regole basi di quel nuovo metodo che permetterà una conoscenza più esatta del mondo: 1. La prima regola deve essere quella dell'evidenza: se si vuole conoscere con certezza, non è possibile accettare alcun dato che non abbia in sé il carattere della chiarezza, dell'immediatezza e della distinzione. E' chiaro ciò che è evidente, ed è evidente ciò che si manifesta immediatamente ai sensi, chiaramente distinto da ogni altro fenomeno ("non accettare mai nessuna cosa per vera se non la riconoscessi evidentemente come tale"); 2. La seconda regola è quella dell'analisi: il problema deve essere prima scomposto e affrontando partendo dall'analisi delle sue singole parti ("dividere ciascuna delle difficoltà da esaminare nel maggior numero di parti possibili e necessarie per meglio risolverle"); 3. La terza regola è la sintesi: il problema analizzato nella sue singole parti va ricomposto a partire dai dati che sono stati ritenuti validi in modo certo e incontrovertibile ("Condurre i miei pensieri per ordine, cominciando dagli oggetti più semplici e più facili a conoscersi, per salire poco a poco, come per gradi, fino alle conoscenze più complesse"); 4. La quarta regola è l'enumerazione, ossia la verifica finale dei dati, una regola prudenziale che impone l'esigenza di rivedere ogni fase del procedimento critico in modo da eliminare eventuali errori residui ("Fare dappertutto enumerazioni così complete e revisioni così generali da essere sicuro di non omettere nulla"). Queste sono le regole che per Cartesio appartengono già al procedimento matematico e geometrico, che hanno in sé la qualità di procedere per lunghe catene di ragionamenti che si fondano ciascuno su una deduzione verificata, catene che portano alla definizione di leggi e principi sulla base della sintesi dei singoli passaggi. E' sull'esempio del procedimento matematico e geometrico che la vera scienza deve procedere per non commettere errori.
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